1、意思不同
汽车站是指组织公路客、货运输业务的基层单位。有汽车运输企业组建和地方交通部门组建的两种。
客运站是指专门办理客运业务的车站。一般设在政治、经济，文化中心等有大量旅客到发的城市，其主要用途是组织旅客安全乘降和迅速集散。
2、作用不同
客运站主要有站房，站前广场和站场三部分组成，它们各有不同的作用，但在布局上是一个不可分割的整体就是某城市对周边城市的客车运输干线集中营。
汽车客运站是专门办理旅客运输业务的汽车站，一般设在公路旅客集散点，其规模大小视当地的客运量而定。中国把汽车客运站分为三等。省辖市及港口、铁路枢纽一般设一等站；县、市人民政府驻地一般设二等站；乡政府驻地或较大集镇设三等站。客运站的主要工作分商务和车务两大部分